Кристина Пфеффер закончила в 2005 году Нымменскую Музыкальную школу по специальности фортепиано и в 2010 году Училише им. Георга Отца по специальности музыкальная теория, где параллельно начала обучение игры на органе (Кристель Аэр). В 2010-2016 она училась в Таллинской театральной и музыкальной академии по классу орган у профессора Андреса Уйбо. В тоже время она учились в Таллинском Колледже Таллинского Технического Университета по факультете бизнес-право. В 2012 году она стала победителем стипендии, которая позволила ей проучиться год в органном классе профессора Хартмута Ромайера в Высшей Музыкальной Школе в Любеке. Также она берёт органные уроки у победителя приза Echo-Klassik у органиста Кристьяна Шмитта. 

Кристина Пфеффер участвовала во многих мастер-классах: Guy Bovet, Michael Radulescu, Edouard Oganessian, Peter van Dijk, Martin Sander, Alexey Schmitov и т.д. В 2013 году она начала свою деятельность как композитор. Она выиграла приз на конкурсе композиторов, который был организован Союзом Церковной Музыки в Эстонии. 

Кристина Пфеффер работала учителем музыки в Музыкальной Школе в Ласнамяэ и органистом в церкви в Кейла. Также она работала концертным органистом в церкви-музее Нигулисте в Таллинне. Она регулярно даёт концерты в Эстонии, Германии, Бельгии, Швейцарии, Латвии и т.д. Она принимала участие в таких больших фестивалях как Таллиннский Международный Органный Фестиваль, ВachFest Tallinn, SICG Stuttgart и Международный Фестиваль в Антверпене. 

Кристина Пфеффер работает органистом в церкви Gedächtniskirche, где так же является руководителем серии концертов "Abendmusik", и работает ассистентом дирижёра в в "Figuralchor" в Штутгарте (дирижер проф. Александр Бурда). 

С апреля 2018 года она учиться в университете церковной музыки в Тюбингене, Германии.

​